Esta iglesia fue diseñada por el arquitecto italiano Eusebio Provasoli. Aparentemente Don Provasoli no tenía mucho conocimiento de la construcción de iglesias de madera en Chiloé pues diseñó San Francisco para que fuera construida totalmente de hormigón. Los chilotas le indicaron que en Chiloé no había hormigón por lo cual los artesanos y carpinteros modificaron los planos para construirla totalmente de madera. Su exterior ha sido recubierta de chapa metálica estampada imitando el acabado del hormigón. Es una iglesia de madera gigante de 1300 metros cuadrados, su interior, incluyendo su crucerías, columnas, arquerías, cornisas, son íntegramente de mañío. Una verdadera obra de arte de los artesano y carpinteros chilotas.
Italian architect Eusebio Provasoli designed the church to be constructed from concrete. However, the residents of Chiloé, or Chilotes, modified the design for wood. The exterior of the church is covered in a metallic siding made to look like concrete.
The cathedral measures 1300 square meters. The interior, with all the wooden architectural details is a testament to the skills of the Chilote craftsmen.